Entitats socials i ecologistes han denunciat l‘inoperativitat d’aquest espai de debat sobre el model de gestió de l’aigua. Assenyalen que l’administració l’ha utilitzat per “evitar el debat de fons que demanen i així, indirectament, seguir mantenint un model d’explotació insostenible de l’aigua”. Aigua és Vida, Ecologistes en Acció de Catalunya, Enginyeria Sense Fronteres i el Grup de Defensa del Ter assenyalen que hi ha un “desencís total” amb la Taula, i posen èmfasi en el fet que “no ha donat cap resultat”. Aquestes organitzacions han demanat al Govern que posi en marxa un espai participatiu per debatre el model de gestió hídrica de Catalunya de cara al futur.
També critiquen l’Agència Catalana de l’Aigua
Les organitzacions han lamentat que la Taula Nacional de l’Aigua parteixi “d’un full en blanc” en el qual no es consideren les normes que regulen la gestió de l’aigua, un fet que fa que no existeixi “cap mena de filtre normatiu”, segons denuncien. L’Agència Catalana de l’Aigua (ACA) també ha rebut, ja que assenyalen que està “absent” dels debats, sense aportar informació ni recollint les diferents aportacions realitzades.
Les entitats denuncien que l’ACA està “ocultant” les dades detallades dels consums, un fet que està “evitant d’aquesta manera explicar el resultat de les mesures adoptades els darrers tres anys per fer front a la sequera per saber si s’ha complert amb les restriccions o no”, i critiquen que s’estigui utilitzant la taula per a demanar dades de consums a empreses i ens gestors les quals assegura l’ACA que no en disposa.

Els ecologistes i agents socials, a més, assenyalen que s’estan prenent decisions fora d’aquests espais participatius creats per la sequera i denuncien que van “en contra l’interès general”. Una de les mesures més criticades ha estat la de reduir a més de la meitat els cabals de sequera del Ter, Muga i Llobregat, un fet que s’ha decidit fora de la Taula Nacional de l’Aigua i “sense cap diàleg ni acord” amb les entitats ecologistes, una decisió que segons les organitzacions vulnera la legislació europea.